据财政部官网消息，中央财政2016年拨给专项资金338亿元用作管理水、土、气。在水污染防治方面，2016年，中央财政共计拨给专项资金131亿元，对划入中央储备库的重点流域水污染防治等项目不予反对。土壤污染防治，也是中央财政反对的重点。

2016年，根据国务院印发的《土壤污染防治行动计划》，中央财政统合原重金属污染防治专项等成立土壤污染防治专项资金，当年拨给专项资金95亿元，重点反对38个重金属污染重点防控区域管理样板沿袭工作；反对各省负责管理专责用作土壤污染风险管控、监测评估、监督管理、污染土壤修复与管理等；反对土壤污染状况详查工作。根据《大气污染防治行动计划》，从2013年开始，中央财政成立大气污染防治专项资金，十二五期间共计决定254亿元，反对京津冀及周边、长三角、珠三角管理雾霾。2016年发布命令专项资金112亿元，反对京津冀、长三角、珠三角等重点区域实施大气十条。

同时，创建专项资金绩效评价制度，将资金决定与环境质量提高绩效考核结果挂勾。

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